日本的經緯度位置
日本是位於中國大陸之東北偏北、朝鮮半島之東、西伯利亞以南的東亞國家，有效管轄範圍介乎北緯20°25′至45°31′之間（未包含與俄羅斯的南千島羣島主權爭議領土擇捉島，包含在內則最北端爲45度33分）、東經122°56′至153°59′之間，所處時區是UTC+9，比格林威治標準時間快9小時。
日本位於歐亞大陸以東、太平洋西部，由數千個島嶼組成，衆列島呈弧形。日本國土被海完全包圍，並無與任何國家的陸地相連。西面的日本海對岸是俄羅斯、北朝鮮及韓國，西南面的東海面向中國大陸及臺灣，南面面向菲律賓海的美屬北馬裏亞納羣島。
根據日本國土交通省國土地理院資料，日本的領土四極是：
最東端：東京都南鳥島，北緯24°16′59″，東經153°59′11″
最西端：沖繩縣與那國島，北緯24°26′01″，東經122°56′01″
最南端：東京都衝之鳥礁，北緯20°25′31″，東經136°04′11″
最北端：
日本政府主張：北海道擇捉島，北緯45°33′28″，東經148°45′14″
有效管轄範圍：北海道稚內市宗谷岬對岸的弁天島，北緯45°31′13″，東經141°56′27″。
有效管轄範圍：北海道稚內市宗谷岬對岸的弁天島，北緯45°31′13″，東經141°56′27″。
日本地處四個板塊的交界處，地震和火山活動十分活躍。世界上每年發生的大小地震中，有約10%都是在日本附近發生。1996年到2005年期間，世界上發生的里氏6級以上的地震中，有20%都是發生在日本。20世紀以來，在日本發生並造成重大損失的大地震有1923年的關東大地震（這場地震導致超過10萬人死亡，是日本史上死者最多地震。地震給日本首都東京帶來毀滅性打擊）、1995年的阪神淡路大地震（此次地震都之後都市的地震對策和建築基準法的修訂及防災意識產生了重大影響）和2011年的東北地方太平洋衝地震（地震所帶來的海嘯給東日本太平洋沿岸地區帶來重大災害，其引發的核電站事故帶來的嚴重影響至今仍未消除）。而在沿海地區，地震之後引發的海嘯常帶來遠超過地震的影響，英語中的海嘯（Tsunami）一詞就是來自於日語。1896年發生的明治三陸大地震引發的海嘯最高達38米，超過22,000人遇難或失蹤。2011年發生的東北地方太平洋衝地震引發的海嘯最高浪高達40.5米，約2萬人遇難或失蹤。
除了地震和海嘯之外，火山引發的災害在日本也不少見。1708年富士山寶永大噴發時，江戶市內也堆積了大量火山灰。1986年伊豆大島三原山噴發，島上所有居民都被迫離島避難。1991年發生在長崎縣的雲仙普賢嶽噴發也導致43人遇難。而近年日本較爲活躍的火山有有珠山、淺間山、三宅島、阿蘇山和櫻島等。日本其他的主要自然災害還有山體滑坡、泥石流、洪水、颱風、雪災和低溫災害等。
